Jezioro Kisajno to najbardziej na południe wysunięty akwen kompleksu Mamr. Nazwa jeziora – podobnie jak Mamr, Święcajt, Kirsajt i Dargina – ma źródłosłów staropruski o nieznanym dziś znaczeniu. Kisajno obejmuje powierzchnię ok. 20,2 km2, z czego 1,23 km2 to wyspy. Długość jeziora w osi północ – południe wynosi 8,5 km, natomiast szerokość – 3 km, średnia głębokość – 24 m.

Na północy od jeziora Dargin oddziela Kisajno umowna linia, poprowadzona między cyplem Wysoki Róg na zachodnim brzegu, a półwyspem Królewski Róg na brzegu wschodnim. Od tej linii w kierunku południowym rozciąga się szeroka połać wodna, po zachodniej stronie ograniczona krawędzią brzegową Półwyspu Fuledzkiego, zaś po stronie wschodniej płytką zatoką w głębi której leży osada Pierkunowo – dawna domena królewska i folwark, dzierżawiony przez rody szlacheckie. Nazwa osady wywodzi się od staropruskiego boga burzy i wojny – Perkunasa, który miał widocznie tutaj jakieś miejsce swojego kultu. Obecnie można tu skorzystać z dogodnej plaży oraz restauracji „Dom Perkuna”, oferującej smaczne jadło na naturalnym tarasie z obszernym widokiem na jezioro.

Poniżej osady Pierkunowo w jezioro wbija się cypel Olchowy Róg, gdzie archeolodzy zlokalizowali ślady staropruskiej osady, a nieodległa wyspa Dębowa Górka lokuje się w środku toru wodnego, tworząc wąskie cieśniny – pomiędzy Olchowym Rogiem na wschodzie i wyspą Wielką Kiermuzą na zachodzie. Dalej na południe szlak wodny ulega istotnemu zwężeniu, przy czym brzeg zachodni aż do samego Giżycka nie jest „lądem stałym” – stanowi go archipelag wysp (kolejno: Kiermuza Wielka, Górny Ostrów, Sosnowy Ostrów i Duży Ostrów), oddzielający główny tor wodny Kisajna od tzw. Łabędziego Szlaku.

Natomiast wschodni, płaski brzeg południowej części Kisajna obejmuje dawny poligon wojskowy (w części dalej funkcjonujący) oraz teren dawnego lotniska polowego, które było używane przez Niemców od czasów I wojny światowej do 1945 r. Znajdują się tutaj m.in. pomosty i zabudowania dawnej przystani Wojskowego Ośrodka Wypoczynkowego, które w 1961 r. „zagrały” w debiutanckim filmie Romana Polańskiego – „Nóż w wodzie”.

Sceny początkowe i końcowe filmu były kręcone właśnie w tej przystani, zaś wiele innych kadrów również na jeziorze Kisajno. Za dawnymi pomostami WDW po wschodniej stronie wchodzi kiszkowato w ląd zatoka Tracz, która obecnie stanowi jeden wielki port jachtowy. Znajduje się tu m.in. port „Stranda”, gdzie jesienią odbywają się największe targi sprzętu wodnego w Polsce, zaś na drugim brzegu widać pomosty i charakterystyczną, okrągłą stołówkę Centralnego Ośrodka Sportu – Ośrodka Przygotowań Olimpijskich w Giżycku.

W głębi zatoki Tracz znajduje się wejście do Kanału Łuczańskiego, który biegnąc przez centrum Giżycka, łączy wody Mamr z jeziorem Niegocin. Tędy biegnie tor wodny, którym pływają statki ŻM na szlaku Giżycko – Węgorzewo – Giżycko oraz na rejsy wycieczkowe do Wyspy Kormoranów na Jeziorze Dobskim.

Z portu w Giżycku realizowane są też rejsy spacerowe po Łabędzim Szlaku jeziora Kisajno. Wówczas statek zbacza z głównego toru wodnego Kisajna, płynąc wzdłuż południowego brzegu jeziora. Mija lewą burtą ośrodek COS – OPO, a następnie Międzynarodowe Centrum Żeglarstwa i Turystyki Wodnej – dawny port „Almaturu” z charakterystycznym oczami na kapitanacie, wymalowanymi w latach 70. przez ówczesnego studenta, a dziś znanego polskiego artystę malarza – Andrzeja Fogtta. W jednym z hangarów dawnego „Almaturu” dogorywa kadłub jachtu „Rekin”, który odgrywał „Christine” w filmie „Nóż w wodzie” Romana Polańskiego.

Za dawnym „Almaturem” znajduje się wejście na krótki Kanał Piękna Góra, który łączy Kisajno z jeziorem Tajty. Można tędy, dalej przez Kanał Niegociński, przepłynąć na jezioro Niegocin. Natomiast statek odbija w prawo i bardzo wąskim przesmykiem, pomiędzy półwyspem Mały Ostrów, a wyspą Duży Ostrów wypływa na Łabędzi Szlak.

Jest to nagromadzenie jedenastu malowniczych wysp (Dębowa Górka, Wielka Kiermuza, Czapla, Olchowa, Muszla, Ptasia, Górny Ostrów, Sosnowy Ostrów, Świtałowy Ostrów, Wronie Kępy i Duży Ostrów), poprzedzielanych cieśninami i zatrzcinionymi zatokami – najpiękniejszy krajobrazowo fragment Wielkich Jezior Mazurskich. Wszystkie wyspy Łabędziego Szlaku objęte są ochroną rezerwatową i nie wolno do nich dobijać, wchodzić na nie i urządzać biwakowisk. Chronionych jest tutaj około 110 gatunków ptaków wodnych i błotnych – miejsca ich gniazdowania oraz odpoczynku podczas wiosenno-jesiennych przelotów – a także wyjątkowy krajobraz tego miejsca.