Jezioro Niegocin leży w samym centrum szlaku Wielkich Jezior Mazurskich, a u jego północnych brzegów położone jest największe miasto w Krainie Wielkich Jezior – Giżycko. W Giżycku swoją siedzibę i bazę stoczniowo-remontową posiada Żegluga Mazurska, zaś nad brzegiem jeziora w samym centrum miasta znajduje się główny port ŻM. Niegocin z jeziorem Kisajno na północy łączy Kanał Łuczański, na którym funkcjonuje atrakcyjny zabytek – obrotowy most z XIX wieku. Most zlokalizowany jest tuż przy dawnym zamku krzyżackim, który po modernizacji pełni rolę hotelu. Opodal, na lądowym przesmyku między Kisajnem i Niegocinem znajduje się inny ciekawy zabytek – Twierdza Boyen, fort artyleryjski z pierwszej połowy XIX stulecia.

Niegocin to szeroko rozlana połać wodna o powierzchni ponad 26 km2, która latem roi się od żagli. Niewielu z odwiedzających Mazury turystów wie, że pojawiają się one tu również zimą. – Nie ma na świecie drugiego takiego akwenu do grania imprez bojerowych jak jezioro Niegocin – powiedział kiedyś holenderski mistrz bojerowy Wim van Acker, człowiek, który przywiózł do Polski, a konkretnie do Giżycka, pierwszy bojer klasy DN. Ale ostatnio Niegocin jest również wykorzystywany przez… lotników. Corocznie w sierpniu organizowane są tutaj największe obecnie w Polsce pokazy lotnicze „Mazury Air Show”, które komentuje z tarasu widokowego nad molem znana osobowość telewizyjna – Tadeusz Sznuk.

Kronikarz krzyżacki Piotr z Dusburga określał jezioro mianem – Nogothin, co zapewne było nazwą staropruską. Nicolaus von Jeroschin w swoich kronikach zwie je – Newotin, zaś przywilej lokacyjny dla Nowej Wsi (późniejsze Giżycko) nazywa je w 1475 r. – Newentein. W niemieckiej nomenklaturze nazewniczej nosiło nazwę – Löwentinsee, zaś ludność mazurska nazywała je pięknie – Jeziorem Lewientyńskim, bądź po prostu – Lewientynem.

Na Niegocinie znajdują się dwie wyspy. U wschodnich brzegów jeziora położona jest Grajewska Kępa, zwana również Wyspą Francuską (na wyspie znajduje się tablica pamiątkowa ku czci francuskich żołnierzy z napoleońskiej Wielkiej Armii, którzy dotarli tu i koczowali po klęsce w Rosji w 1812 r.).

Największa głębia Niegocina wynosi 39,7 m, ale pomiędzy Grajewską Kępą, a zachodnim brzegiem w okolicach Strzelc, wybrzusza się na środku jeziora obszerna płycizna (w najpłytszym miejscu jedynie 30 cm głębokości), na którą żeglarze powinni uważać. Niewielka Ptasia Wyspa u brzegów Wilkas to jedynie niewielka kępa obrośnięta wianuszkiem sitowia.

W Giżycku są nad Niegocinem dwie plaże dogodne do kąpieli. Plaża miejska zlokalizowana jest w samym centrum miasta obok portu Żeglugi Mazurskiej i mola spacerowego. Latem kąpielisko to bywa mocno zatłoczone. Spokojniej jest u wschodnich rogatek miasta, na plaży i kąpielisku kempingu w Borowie. Dużą atrakcję turystyczną stanowi też molo spacerowe obok portu ŻM, zaopatrzone w galerię widokową, pozwalającą ogarnąć wzrokiem całe jezioro.

U zachodnich brzegów jeziora znajduje się doskonale widoczne z wody wzgórze, gdzie prawdopodobnie w pradziejach mieściło się grodzisko jedynego znanego z imienia wodza staropruskich Galindów – Ysegupsa. Niemieccy historycy zlokalizowali tu miejsce męczeńskiej śmierci średniowiecznego misjonarza Prusów – św. Brunona i w 1910 r. ustawili tu żeliwny krzyż, który jest dokładną repliką krzyża z Tenkit na Sambii, gdzie czcił przypuszczalne miejsce śmierci św. Wojciecha.

Nieco dalej na południowy zachód z jeziora Niegocin wypływa Kanał Niegociński – alternatywna droga na Kisajno przez jezioro Tajty i Kanał Piękna Góra. Niejako vis a vis rozciągniętego u północnych brzegów jeziora Giżycka leży turystyczna wieś Wilkasy, znana z licznych przystani i ośrodków wypoczynkowych. Z kolei na wschodzie jezioro Niegocin poprzez niewielkie jeziora Niałk Wielki i Niałk Mały łączy się z kilkunastokilometrowym, niezwykle malowniczym szlakiem jezior rynnowych – Wojnowo i Buwełno. Ze względu na wąskie i płytkie połączenie tych dwóch jezior cały szlak jest dostępny jedynie dla kajaków i łodzi o bardzo małym zanurzeniu.

Na południu, na wysokości kościoła we wsi Rydzewo, Niegocin wąskim przesmykiem przechodzi w wydłużoną zatokę, zwaną Jeziorem Bocznym. Na wschodnim brzegu Jeziora Bocznego rozciąga się wieś Rydzowe, gdzie statki ŻM mają swoją przystań. Natomiast na zachodnim brzegu leży wieś Bogaczewo. Dała ona nazwę tzw. kulturze bogaczewskiej, która została odkryta w oparciu o archeologiczne znaleziska na prehistorycznych grodziskach i cmentarzysku w okolicy Półwyspu Kula. Ów półwysep, leżący u południowego krańca Jeziora Bocznego, tworzy wąski przesmyk wodny z mostem na kanale Kula, który jest uznawany za umowny wododział pomiędzy zlewniami Wisły i Pregoły.

Statki Żeglugi Mazurskiej pływają po jeziorze Niegocin w ramach rejsów spacerowych, a także przepływają je wraz z Jeziorem Bocznym i kanałem Kula we wszystkich rejsach na południe Wielkich Jezior Mazurskich – do Mikołajek i Rucianego-Nidy.